В соответствии с пунктом 10 статьи 217 НК РФ, суммы, уплаченные работодателями за оказание медицинских услуг своим работникам, их супругам, родителям, детям (в том числе усыновленным), подопечным в возрасте до 18 лет, а также бывшим своим работникам, уволившимся в связи с выходом на пенсию по инвалидности или по старости, не подлежат налогообложению НДФЛ, если они остались в распоряжении работодателей после уплаты налога на прибыль организаций.
Таким образом, одновременно учесть расходы на медобслуживание в затратах организации с целью налогообложения по прибыли и не уплачивать с таких трат НДФЛ не получится: придется выбирать что-то одно.
Соответственно, если оплата медицинских услуг производится за счет включения в расходы, которые учитываются при определении налогооблагаемой прибыли, то она подлежит налогообложению НДФЛ на общих основаниях в соответствии с пунктом 10 статьи 217 НК РФ.
Кстати, недавно Минздрав предложил изменить правила прохождения медосмотра. В частности, рассматривается возможность вдвое повысить частоту прохождения профилактического медицинского осмотра: если сейчас сотрудники осуществляют эту процедуру один раз в два года, то в случае принятия нового приказа они будут проверяться каждый год.
Пока соответствующий законопроект находится на стадии проработки.