Перечень расходов на оплату труда, которые можно учесть при расчете налога на прибыль, приведен в статье 255 НК РФ. В частности, организации могут учесть компенсации работникам, которые связаны с режимом работы или условиями труда, если они предусмотрены законодательством либо трудовыми или коллективными договорами.
Среди прочего к ним можно отнести и другие виды расходов в пользу работников: перечень таких трат является открытым (согласно пункту 25 статьи 255 НК РФ). Главное, чтобы они были оговорены трудовым или коллективным договором.
Именно к этому пункту и можно причислить выплаты организации на основании ее локальных нормативных актов, в том числе и компенсационные выплаты за отсутствие персонального служебного транспорта.
Иными словами, организация имеет право учесть в базе налога на прибыль выплаты сотрудникам на личный транспорт, на котором они добираются до работы, или используют в течение рабочего дня.