Согласно 1 пункту статьи 83 НК РФ, если в состав юрлица входят обособленные подразделения, расположенные в разных субъектах, то каждое подразделение следует поставить на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого филиала.
Если несколько обособленных подразделений организации находятся в одном муниципальном образовании, городах федерального значения Москве, Санкт-Петербурге и Севастополе на территориях, подведомственных разным налоговым органам, то поставить юрлицо на учет можно по месту нахождения одного из обособленных подразделений (его организация может выбрать сама).
В том случае, если компания встала на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, то НДФЛ будет зачислен в бюджет по месту учета каждого такого обособленного подразделения.
Справки 2-НДФЛ и расчет 6-НДФЛ, заполненные по каждому обособленному подразделению, также должны быть представлены по месту учета каждого обособленного подразделения.