Подпункт 6 пункта 2 статьи 346.26 НК РФ гласит, что ЕНВД может применяться при ведении предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли, осуществляемой через магазины и павильоны с площадью торгового зала не более 150 квадратных метров по каждому объекту организации торговли.
Само определение розничной торговли дается в статье 346.27 НК РФ. Это предпринимательская деятельность, связанная с торговлей товарами на основе договоров розничной купли-продажи. При этом допускается и наличный, и безналичный расчет.
Таким образом, если интернет-магазин соответствует перечисленным требованиям, он может применять ЕНВД.
Кстати, для подготовки отчетности по ЕНВД вы можете воспользоваться услугами сервиса «Моё дело». Сервис автоматически формирует отчетность, проверяет ее и отправляет в электронном виде. Получить бесплатный доступ к сервису вы можете прямо сейчас по ссылке.