В общем случае для получения вычета по НДФЛ надо сначала этот НДФЛ заплатить. А поскольку ИП на спецрежиме не платят этот налог, то и возмещать им нечего.
В то же время если у ИП, применяющего специальные налоговые режимы, имеются другие доходы, не связанные с предпринимательской деятельностью, и они облагаются НДФЛ по ставке 13 %, то он может применить возмещение НДФЛ в полагающихся законом случаях.
В итоге вычет по НДФЛ может применяться ИП на спецрежиме, но такой вычет не будет связан с предпринимательской деятельностью.
Кстати, упростить бухгалтерский и налоговый учет для ИП на УСН, ЕНВД и ПСН может онлайн-сервис «Моё дело». Он поможет создавать счета и проводки, вести бухгалтерские регистры, учитывать доходы и расходы, рассчитывать зарплату, налоги и страховые взносы; формировать отчетность. Кроме того, пользователи сервиса всегда могут прибегнуть к помощи ведущих экспертов по бухгалтерскому и налоговому учету — их консультацию можно получить в любое удобное время. Бесплатный доступ к сервису доступен прямо сейчас по ссылке.