На самом деле с расходами на проезд сотрудников сложилась интересная история. Пункт 26 статьи 270 НК РФ не позволяет учитывать в расходах оплату проезда к месту работы и обратно транспортом общего пользования, специальными маршрутами и ведомственным транспортом.
В то же время статья 255 НК РФ разрешает организации включить в расходы оплату труда, в том числе любые начисления работникам в денежной или натуральной формах, стимулирующие начисления и надбавки, а также компенсационные начисления.
Соответственно, если расходы организации по возмещению затрат работника на проезд являются частью системы оплаты труда, то они могут быть учтены при определении налоговой базы по налогу на прибыль. Главное — чтобы они были документально подтверждены и обоснованы.
Но если такие расходы не являются формой системы оплаты труда и носят социальный характер, то их нельзя учесть при расчете налога на прибыль.