Статья 172 НК РФ говорит о том, что налоговые вычеты можно заявить в течение трех лет с момента принятия на учет приобретенных товаров или услуг. Законодательство не ограничивает количество вычетов с одного счета-фактуры.
Одновременно с этим в той же статье указано, что основные средства, оборудование к установке и нематериальные активы должны быть приняты на учет в полном объеме, чтобы по ним можно было оформить возмещение НДС.
Таким образом, в общем случае организация имеет право разбивать вычет НДС в разных долях, лишь бы документы были поданы в течение трех лет после покупки. Исключением являются лишь нематериальные активы, основные средства и оборудование к установке.