Вообще организации на УСН не платят НДС и выставляют счета-фактуры покупателям без этого налога. Однако в данном случае ООО все же включало НДС при продаже. Но ФНС посчитала, что даже в этом случае компания не получает права на вычет НДС.
Суды всех инстанций, в том числе Верховный суд, подтвердили законность решения налоговиков. Вот как они аргументировали свое решение: ООО, даже не являясь плательщиком НДС, имеет право выставлять счета-фактуры с выделением НДС на основании подпункта 1 пункта 1 статьи 173 НК РФ.
Однако суды обратили внимание на тот факт, что возникновение в данном случае обязанности по перечислению в бюджет налога не означает, что выставившее счет-фактуру лицо приобретает в отношении таких операций статус налогоплательщика, в том числе право на применение налоговых вычетов.