Если услуги оплачиваются за счет чистой прибыли (оставшейся после оплаты налога на прибыль), то НДФЛ не удерживается. В иной ситуации с суммы оплаты налог необходимо исчислить. Позиция чиновников основывается на пункте 10 статьи 217 НК РФ (положении статьи не применяются для плательщиков на специальном налоговом режиме).
Кодекс освобождает от НДФЛ суммы, уплаченные работодателями за оказание медицинских услуг своим работникам и членам их семьи (супругам, родителям, детям и подопечным до 18 лет), но только если денежные средства остались после уплаты налога на прибыль организации. Данное правило справедливо и для сотрудников, которые уволились в связи с выходом на пенсию по старости или по инвалидности.
Принятие к налоговому учету медицинских расходов лимитировано 6 % от суммы расходов на оплату труда (п. 16 ст. 255 НК РФ). Отнести к расходам по оплате труда выплаты по договорам с медицинскими организациями можно, если они заключены в пользу работников и на срок более одного года. Разумеется, медицинская организация должна иметь лицензию на оказание этой услуги.